药食同源物质并非绝对安全，其活性成分可能与常规药物发生药代动力学或药效学相互作用。细胞色素P450酶系与P-糖蛋白是主要的代谢与转运载体。某些草本成分可诱导或抑制这些蛋白的活性，从而改变共服药物的血药浓度，导致疗效降低或毒性增加，这一风险在老年多病共存人群中尤为突出。
肝药酶诱导剂如圣约翰草提取物（虽非典型药食同源，但机制类似）可加速华法林等窄治疗指数药物的代谢，增加血栓风险。反之，某些黄酮类成分可能抑制CYP3A4，导致他汀类或钙通道阻滞剂浓度升高，引发肌病或低血压。此类相互作用在体外实验与个案报道中屡见不鲜，但缺乏大规模临床对照数据。
药效学相互作用同样不容忽视。具有抗血小板或抗凝作用的物质（如大蒜、银杏）与抗凝药物联用，可能增加出血风险。而具有利尿作用的成分与利尿剂合用，可能导致电解质紊乱。在临床实践中，患者常隐瞒膳食补充剂的使用，导致医生无法全面评估风险，凸显了详细用药史采集的重要性。
目前药物相互作用数据库多基于西方草药，针对中国特色药食同源物质的数据相对匮乏。建议从业者在推荐食疗方案时，主动询问患者的用药清单，特别是抗凝、降压、降糖及免疫抑制剂。对于高风险组合，应建议间隔服用时间或监测相关指标，并在必要时咨询临床药师，以规避潜在的严重不良事件。