膳食干预研究常面临严格的偏倚挑战。选择偏倚源于受试者非随机分配或脱落率差异，可能导致组间基线特征不平衡。例如，自愿参与健康饮食研究的群体往往本身具有更健康的生活方式，这会高估食材的独立效应。
信息偏倚则多源于饮食记录的准确性不足。自我报告的食物频率问卷易受回忆偏倚影响，难以精确量化药食同源物质的实际摄入量。采用生物标志物客观验证或24小时膳食回顾法，可在一定程度上提高数据可靠性，但仍存在局限。
双盲法设计是减少实施偏倚与测量偏倚的关键。在食疗研究中，通过模拟食物外观与味道设置安慰剂组，可有效控制受试者与研究者的心理预期效应。然而，对于气味或口感鲜明的食材，实现完全盲法极具挑战，需采用特殊制剂技术。
意向性分析（ITT）原则要求将所有随机化后的受试者纳入分析，无论其是否完成干预。这一方法保留了随机化的平衡作用，更贴近真实世界场景。在评估食疗效果时，遵循ITT原则能提供更保守但更稳健的效应估计，避免高估疗效。