功能性磁共振成像（fMRI）技术为解析针灸镇痛机制提供了直观依据。多项研究指出，针刺特定穴位可调节默认模式网络及疼痛矩阵相关脑区的功能连接。这些发现支持了针灸通过中枢神经系统下行抑制通路发挥镇痛作用的假说，为传统理论提供了现代神经科学解释。
然而，现有神经影像学研究多采用小样本设计，统计效能不足。部分研究未严格区分特异性效应与非特异性效应，如安慰剂效应、期待效应及治疗师互动带来的心理暗示。由于缺乏有效的假针刺对照或双盲设计，难以完全排除非特异性因素对脑区激活信号的干扰。
在研究设计方面，针刺参数的标准化程度不一。刺激强度、留针时间及频率的差异可能导致神经反应的可重复性降低。此外，个体解剖结构的差异使得穴位定位的精确度难以保证，进而影响脑区激活结果的空间一致性。
因此，尽管神经影像学研究揭示了潜在的生物学机制，但其临床转化价值仍需谨慎评估。未来研究需采用大样本、多模态影像技术，并引入更严格的对照设计，以分离针灸的特异性神经机制，为精准针灸治疗提供更高强度的证据支持。