巫君玉出生于1929年,是江苏省人。他毕业于卫生部北京中医进修学校,临床职称是主任医师。他擅长中医内、妇、儿科等疾病,对外感热病及消化系统疾病专长。
巫君玉在1951-1954年期间进入北京中医进修学校系统学习现代医学。他先后在北京第六医院工作,在1962年任副主任医师,1981年任鼓楼中医医院院长、主任医师。巫君玉在1983年当选为北京市人大代表,之后调至北京市卫生局任副局长。他在1987年调至北京中医医院任技术顾问,1990年被确定为国家级老中医药专家学术经验继承工作指导老师。
巫君玉总结经验撰有专业论文多篇,并著有《现代难治病中医诊疗学》、《瓣杏医谈》、《名老中医带教录》、《钝初吟集》以及校注的《痢疾明辩》等专著。
巫君玉历任中国中医药学会常任理事、顾问,中国民间中医药研究开发协会常务理事,中国医学基金会中医理事,中医内科学会副主任委员,中医疑难病学会主任委员,北京中医药学会副理事长,北京中医药大学客座教授,《光明中医杂志》主编、北京市第七届政协委员等职务。
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